腸道不只是消化器官，也是人體最重要的免疫器官，因為腸道中同時也充滿了各種外來及內生的毒素，這些毒素也有可能被吸收傳送。當腸道發炎時，連腸道菌都可能穿過腸道，進入血液。如果說腸道是身體防衛第一前線，完全不過份。於是身體只好將大部份的免疫防衛軍隊配置在腸道，避免毒物細菌入侵。所以，當你的腸道不健康，壞菌肆虐、毒素瀰漫，身體中的免疫大軍前仆後繼，大量戰死在腸道，以至於沒有足夠的戰力防衞呼吸道或泌尿生殖道，你當然很容易感冒、感染。
腸道還有「第二個大腦」之稱。有許多神經密密麻麻深入腸道內層，匯集訊息，傳給中樞神經，是大腦以外最複雜的神經系統，而且透過「腦腸軸線(gut-brain
axis)，與腦相互聯絡、彼此影響，是近年熱門的醫學研究領域。腸躁症、憂鬱症、焦慮症、自閉症、慢性疲勞等盛行率極高的身心疾病，都和腦腸軸線相關。
2005年，美國史丹佛大學瑞爾曼(David Relman)的研究團隊在《科學》上發表了一篇重要的論文，他們在這篇重要的論文的第一句話就說：「腸道菌是人體必要的器官(essential
organ)，它們提供養份，調控腸道細胞的發育，誘導免疫系統的發展，但是令人驚訝的是我們對它們的認識如此不足。」
我們怎麼去理解「腸道菌是必要器官」呢，首先，腸道菌必須能夠接收並解讀來自身體其它器官(特別是大腦)的訊息，做出適當的反應；也必須能感知環境的變化，然後向其它器官發出訊息。也就是說腸道菌必須構成一個群體，與其它器官互助，各司其職，才能夠稱為是一個器官，而不只是居住在腸道內的一隻又一隻、各自獨立的細菌。
腸道菌絕對不是外來寄生在我們腸道的細菌，它們對人體而言，是一生與我們共存的「必要器官」，腸道菌和人類一起走過千萬年演化的歷史，是人類不折不扣的生命共同體。人類與腸道菌共生，人類的基因體與腸道菌基因體共同演化，甚至我們的生理代謝也與腸道菌互相整合，共同建構出一個「人類超級生物體」(human
super-organism)。
腸道菌是身心健康的決定因子
美國德州科技大學的萊特(Mark Lyte)在2010年發表了一篇論文，題目是〈我們腸道裡的微生物器官，是我們身體恆定與疾病的驅動者〉。
什麼是「驅動者」(driver)？如果我們的身體是一台超級電腦，腸道菌就是啟動電腦的開機程式；如果我們的身體是一輛豪華轎車，腸道菌就是負責開車的司機。腸道菌是我們身心健康的決定者、推動者。
萊特用「恆定」代表身心健康狀態，我們同樣可以用來形容腸道菌的健康狀態。構成腸道菌的千百菌種，經常因應腸道環境變化，而保持動態的平衡關係，腸道菌的小恆定，決定了身體健康與疾病的大恆定。
由瑞爾曼的「必要器官說」，到萊特的「開機程式說」，短短幾年的研究進展已經讓腸道菌提升到如此重要的地位。再說的白話一點：腸道菌和心臟、大腦、肝臟、腸胃道一樣，都是身體的必要器官之一，沒有腸道菌，我們活不下去，腸道菌不健康，我們就不健康，腸道菌生病，我們就生病。
我們將何種營養送入大腸，餵食腸道菌，產生的結果會大不同，如果你讓大量脂肪、蛋白質進入大腸，大腸中的嗜吃脂肪的革蘭氏陰性菌就會大量增殖，產生許多脂多醣(lipopolysaccharide)進入血液，循環全身，四處引發慢性發炎，長期下來會導致肥胖、糖尿病等各種代謝症候群。如果你喜歡大魚大肉，沒問題，只要你能確保自己的消化力夠強，能夠讓大魚大肉在小腸完全消化吸收，不會讓它們進入大腸。癌症、心血管疾病、糖尿病、甚至阿茲海默症等，都和慢性發炎密切相關，而腸道是發炎的主要源頭，照顧好腸道，就能預防這些可怕的慢性疾病。
相反的，如果大量攝取高纖食物，這些人體不易消化的纖維素進入腸道，不但會吸附排除腸道中的各種毒素，而且讓分解纖維的好菌增生，產生大量的短鏈脂肪酸(醋酸、丙酸、丁酸等)，使腸道保持微酸性，抑制壞菌生長，這些短鏈脂肪酸也會被腸道細胞吸收當做能量，而且發揮包括增強免疫等生理功能。
(摘自《科學人雜誌》125期)
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